開発ツール
バイオインフォマティクス研究で開発したコードやWebアプリケーションを公開しています。コードの場合、C++で書かれたものはg++などによるコンパイルが必要ですが、configureスクリプトによるMakefile自動生成で比較的容易に実行できます。一方、Pythonで書かれたものはコンパイル不要です。また、Webアプリケーションはインターネット接続環境があればコードより簡単に動かすことができます。いずれも商用目的以外であれば自由に利用可能ですので、ご興味のある方はぜひお試しください。
コード
- CAPITAL (Comparative Analysis of Pseudotime trajectory Inference with Tree ALignment): 木のアラインメントに基づくシングルセルRNA-seqデータの疑似時系列アラインメント (2023-03-22更新)
- Bivartect (BIt-based genomic VARiant deTECTion): ビット列のソートに基づく高精度省メモリゲノム構造変異解析 (2019-10-01更新)
- DotcodeR (DOT plot enCODEr for RNA structural similarity search in genomic sequences): ゲノムワイドRNA構造類似度比較 (2017-11-16公開)
- IPknot (Integer Programming-based prediction of RNA pseudoKNOTs): 整数計画法に基づくRNAシュードノット２次構造予測 (2023-03-01更新)
- RactIP (RNA-RNA interACTion prediction using Integer Programming): 整数計画法によるRNA間相互作用予測 (2023-06-10更新)
- G4HMM (G-quadruplex motif search using Hidden Markov Models): 隠れマルコフモデルによるG４重鎖モチーフ発見 (2014-08-22更新)
- DAFS (Dual decomposition for Aligning and Folding RNA sequences Simultaneously): RNA構造アラインメント (2022-02-11更新)
Webアプリケーション
- Rtips (RNA sTructure prediction using IP Scheme): 整数計画法に基づく超高速RNA構造予測サーバー (2021-08-11更新)
- IPknot++ (IP-based prediction of RNA pseudoKNOTs): シュードノットを考慮したRNA２次構造予測 (長い配列向き)
- RactIP (RNA-RNA interACTion prediction using IP): RNA間相互作用予測
- IPknot (IP-based prediction of RNA pseudoKNOTs): シュードノットを考慮したRNA２次構造予測
- Rtools (Bioinformatics Web Server for RNA): RNAバイオインフォマティクス解析のための統合Webサーバー
- EnuMol (ENUmerating MOLecular structures from path frequencies): パス頻度に基づく化学構造列挙サーバー (2010-05-27更新)
