特段の希望がなければ、最初の半年～1年は、基幹施設である大阪大学医学部附属病院で開始します。
ここでは、基礎的知識や診療技術を習得し、脳神経外科の全貌を把握することを目的としています（ただし、初期臨床研修を行った施設で研修を開始したい場合には、適宜希望に沿えるよう調整します）。
その後の2～3年は、連携施設において実践的診療を経験します。
連携施設の中には、①規模が大きく手術数の多い総合病院、②地域の拠点病院として脳神経外科全般の診療に当たる病院、③特定の疾患を多数治療する専門病院、などがあります。
病院ごとに診療内容が異なりますので、複数の施設を回ってもらい、脳神経外科で扱うすべての疾患に対する診療能力を高めてもらえるように調整しています。

最後の1年は、阪大病院に戻り、より先進的な診療技術を習得して研修の仕上げを行います。

本プログラムを終了すると日本脳神経外科学会専門医試験の受験資格が得られます。
また連携施設のなかには、脳卒中、脳血管内治療、脊髄外科、神経内視鏡手術、定位・機能外科、小児神経外科など、さまざまな学会の認定研修施設も多く、各施設での診療経験をもとに、将来、専門医・認定医の受験資格も得ることができます。

大阪大学医学部附属病院脳神経外科では年間約600例の手術が行われ、1年間で研修医一人当たり100例以上の経験を積むことができます。
診療対象となる疾患は、脳腫瘍、脳血管障害、小児脳神経疾患、脊椎脊髄疾患、機能的脳疾患など多岐にわたり、脳神経外科診療のすべての領域をカバーしています。
これらの多彩な疾患を経験することで、脳神経外科学全体を理解するのみならず、将来自分が専門とする診療領域(サブスペシャリティー)の最先端知識や高度な治療技術も習得することができます。

また、連携施設のうち、総合病院(連携施設1および2)では大学病院と同じく脳神経外科全般の診療が可能であり、専門病院(連携施設3)では脳卒中、頭部外傷、脊椎脊髄疾患を集中的に経験することができます。

大阪大学脳神経外科の研修プログラムで経験できる症例数や診療内容は、脳神経外科学会の研修基準をはるかに上回りますので、本プログラムを修了することにより、脳神経外科専門医試験受験資格を得ることができます。
代々受け継がれてきた受験対策や、専門医試験受験前の講習も充実しており、本プログラムから毎年5～10名程度の専門医が誕生しています。

阪大病院には専門医28名(2024年4月現在)、各連携施設には3名以上の脳神経外科専門医・指導医が配置されており、基礎的知識から応用技術に至るまで、懇切丁寧に指導しています。
また、定期的に阪大研修プログラムに参加している専攻医を集めて、顕微鏡手術やカテーテル手術の練習会（ハンズオン）も開催しています。

研修プログラム施設には、日本脳卒中学会専門医、日本脳神経血管内治療学会専門医・指導医、日本脳卒中の外科学会技術認定指導医、日本脊髄外科学会専門医・指導医、リハビリテーション専門医、日本がん治療認定医機構暫定教育医、日本てんかん学会指導医・専門医、日本神経内視鏡学会技術認定医、日本定位機能神経外科学会技術認定医、小児神経外科学会認定医などの有資格者が多数配置されていますので、それぞれの分野における専門的な指導を受けることができます。
また、これらの指導医のもとで研修を積むことにより、将来、さまざまな認定医資格を取得する機会を得ることができます。